В случаях культурной изоляции происходит ситуация, которая сильно отличается от географической изоляции.
Культурная изоляция начинается только тогда, когда в обществе появляются запреты, не позволяющие общаться людям из разных групп. В некоторых странах существует обычай, который разрешает заключать браки строго только внутри своей группы. Такой обычай называют эндогамией.

Запреты могут быть самыми различными. Наиболее распространены жесткие ограничения, связанные с религиозными традициями и обычаями. Запреты, связанные с разницей социальных групп, менее строгие. Самым простым примером запрета такого вида является кастовая система в Индии. Из-за ее существования, антропологические различия социальных групп в Индии очень значительны, и могут достигать внушительных масштабов.

Как следствие социальной изоляции, в Южной Индии и в наше время проживают антропологически совсем не изменившиеся потомки африканских рабов. Их предки были завезены в страну сотни лет тому назад.

Еще одним примером культурной изоляции могут быть группы староверов. Они изолированно живут в разных уголках Сибири. Эти группы практически полностью сохранили свои антропологические признаки.

В XIX в приверженцев религиозной секты, молокан, переселили в Армению. Соблюдение строгих запретов, полная религиозная изоляция способствовали сохранению всех исходных расовых особенностей у молокан.